小产权房只有部分产权，并没有房产证，所以处分权的行使会受到一定的限制，而普通商品房需要到房管部门办理房产证，购房者拥有全部产权，可自由处置房屋。
小产权房是指在农村集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村颁发，亦称“乡产权房”，“小产权房”不是法律概念，是人们在社会实践中形成的一种约定俗成的称谓。小产权房没有国家发放的土地使用证和预售许可证，购房合同在国土房管局不会给予备案。
1、法律效力
小产房买卖合同的效力一般认定无效为原则。但也区分不同情况：
对于发生在本乡范围内农村集体经济组织成员之间的农村房屋买卖，该房屋买卖合同认定有效。
对于将房屋出售给本乡以外的人员的，如果取得有关组织和部门批准的，可以认定合同有效。
对于将房屋出售给本乡以外的人员，未经有关组织和部门批准，如果合同尚未实际履行或者购房人尚未实际居住使用该房屋的，该合同应作无效处理。
2、房产转让
小产权房拿不到正式的房产证，因此并不构成真正法律意义上的产权。即小产权房只有使用权，没有所有权。
根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，小产权房不能向非本集体成员的第三人转让或出售，即购买后不能合法转让过户。其同时对房屋的保值和升值也有一定影响。
3、政策风险
购买在建小产权房时，购房人与开发商签订合同并交付房款后，如果相关部门整顿乡产权房的建设项目，可导致部分项目停建甚至被强迫拆除。购房人会面临既无法取得房屋，又不能及时索回房款的尴尬境地。
购房后如果遇到国家征地拆迁，由于乡产权房没有国家认可的合法产权，购房人并非合法的产权人，所以无法得到对产权进行的拆迁补偿，而作为实际使用人所得到的拆迁补偿与产权补偿相比微乎其微。
4、监管缺位
乡产权房屋的开发建设没有明确的规定加以约束，开发建设的监管存在缺位，对购房者的利益有一定的影响。同时，开发单位的资质没有，房屋质量和房屋售后保修难以保证。