1、设计滞后：
地方保障性住房规划布局有待改善，交通等外部配套设施的建设相对滞后。少数地方保障性住房项目选在离城市中心较远的地方，配套设施没能同步建设，建成后迟迟不能入住，或是入住了但生活不方便。有的保障性住房内部空间结构不合理，影响了使用功能。
2、质量隐患：
有的地方一些保障性住房设计、施工、监理、验收质量把关不严，个别工程还使用了不合格的建筑材料，存在质量安全隐患。
3、管理漏洞：
家庭和个人住房、收入以及金融资产等情况基础信息不足，核定有一定难度。一些地方在保障性住房分配中存在申请弄虚作假、申报不实以及工作人员协助弄虚作假，不按规定程序和条件审批、不认真履行职责、失职渎职等现象。有的家庭收入增加了，但仍然不退出保障性住房，群众意见很大。
4、资金短板：
建设资金筹措和征地拆迁压力比较大。2011年建设任务比去年有较大增加，一些地方资金筹措存在一定困难，中西部地区资金压力更大一些;有些地方的保障性住房用地未能及时完成征地拆迁，拉长了建设周期。
5、政策不周：
我国保障性住房建设和管理总体上带有探索性质，包括政策、机制、保障范围、保障方式等，还需要在实践中不断完善。工作中，还存在着政策边界不够清晰、利益调节和退出机制不够完善等问题。同时，也有前后政策如何更好衔接的问题。
6、法制不全：
现行住房保障政策都是以规范性文件形式发布的，虽有一定效力，但未形成法律制度约束。虽然我国于2005年发布《城镇低收入家庭廉租住房申请、审核及退出管理办法》，但因没有上升到法律层面，管控效用并不大。
1、保障性住房实行轮候分配制度，按照抽签、摇号或其他公平、公正的方式确定轮候及分房顺序。未经相关程序不得擅自改变分配对象和轮候次序。
2、申请保障性住房的家庭应当推举1名具有完全民事行为能力的成员作为申请人，向户籍所在地社区提出申请。申请人为外来人员的由用人单位或本人向住地社区提出申请。
3、社区应及时受理申请材料，并将符合条件的申请材料报送街道办事处（镇人民政府），同时在社区公示申请人名单。
4、市、县住房城乡建设主管部门对公示期满无异议的予以核准。核准结果在申请人户籍所在地、居住地或工作单位公示15日，并在当地电视、报纸、政府网站等媒体上公开。