1、地理位置不同：太仓站位于江苏省太仓市苏州东路，地跨新塘和陆渡，大部分在新塘张桥村境内。而太仓南站地处太仓市新城区南星路。2、功能不同：太仓站服务沪通铁路、苏南沿江铁路两条铁路线，在地理位置上居太仓市中心。而太仓南站仅服务于沪通铁路，离主城区5公里左右。3、车次不同：太仓站一共有80班车次，而太仓南站仅有13班车次。
太仓站和太仓南站区别
太仓站——位于中国江苏省苏州市太仓市，是中国铁路上海局集团有限公司管辖的铁路车站，是沪苏通铁路、江苏南沿江城际铁路的交汇车站。
2020年5月27日，太仓站站房主体工程完工；7月1日，太仓站随沪苏通铁路的通车投入使用。截至2020年7月，太仓站站房建筑面积10998平方米，站场规模2台6线。
太仓南站——位于中国江苏省苏州市太仓市，是中国铁路上海局集团有限公司管辖的铁路车站，是沪苏通铁路的中间站。
2019年7月12日，太仓南站配套工程开工建设；2020年7月1日，太仓南站正式投入使用。截至2020年7月，太仓南站站房面积5999平方米，站场规模为2台5线。