1、消化不良：辟谷会打破正常的消化道状态，如果突然辟谷，不摄入富含糖类的五谷，消化道不能适应，容易造成消化不良，引起腹痛、腹泻、腹胀、便秘等症状，长期发展还可能造成慢性胃炎、胃溃疡等疾病；
2、运动功能下降：机体因缺少碳水化合物，无法合成能量进行正常的生理活动，为了维持生理活动可能会消耗人体脂肪、蛋白质等营养成分进行能量供给，大量蛋白质被消耗可以引起运动功能下降，比如有乏力、不好动等表现，间接引起自身抵抗力下降；
3、营养失衡：辟谷影响营养均衡，五谷中除了含有碳水化合物外，还含有维生素及多种微量元素，辟谷后不吃五谷，容易营养不良，造成血脂、血糖升高，可能引起高血脂病、糖尿病等疾病，影响身体健康；
4、体重反弹：通过辟谷减少碳水化合物摄取，可以造成体重下降，但是减肥效果非常微弱，因为没有摄入主食，人体很快会感到饥饿，反而会摄入其他非五谷的食物，如食用较多高糖水果等，可以引起体重反弹。